Aprašymas
1634 m. vienuolyną fundavo Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius, atidavė karmelitams bažnyčią, kleboniją ir 30 valakų žemės.
1652 m. fundaciją patvirtino Žemaičių vyskupas Petras Parčevskis.
1661 m. ją patvirtino Žemaičių vyskupas Aleksandras Sapiega.
1676 m. vienuolyne įsteigtas noviciatas. Naujokus rengė aukštus teologijos ir filosofijos mokslinius laipsnius turėję dvasininkai. Vienuoliai dirbo taip pat ir parapijos mokykloje, buvo atidarę biblioteką.
1681 m. fundaciją patvirtino valdovas Jonas Sobieskis. Tokia sudėtinga fundacijų tvirtinimo istorija susiklotė todėl, kad Linkuvos bažnyčios priklausomybė nuolat buvo ginčijama evangelikų bendruomenės, kol tam galą padarė Sobieskis. Iš tikrųjų fundacijose labiau minėta vien parapinė Švč. Mergelės Marijos Škaplierinės bažnyčia, kuri ir įsitvirtinus vienuolynui liko kartu taip pat parapine. Švč. Mergelę Mariją karmelitai laikė savo globėja, o jų simboliu buvo karmelitų škaplierius. Glaudesniam bendravimui su parapijonimis buvo įsteigta šv. Škaplieriaus brolija.
1689 m. imta statyti medinį vienuolyno namą, kuris po metų sudegė.
1752 m. vienulynos fundaciją galutinai patvirtino Varniuose įvykęs Žemaičių vyskupystės sinodas.
1754 m. imta statyti mūrinį vienuolyno namą. Iš pradžių sumūrytas ir llga laiką naudotas vien su bažnyčia sujungtas rytinis korpusas.
1755 m. jis prailgintas ir prie jo pristatytas pietinis korpusas. Vienuoliai įsteigė špitolę.
1761 m. pristatytas šiaurinis korpusas.
1733 m. statyba baigta.
1820 m. vienuolynui priklausė Pupiškio dvaras ir Voronėlių kaimas.
1832 m. po sukilimo vienuolynas uždarytas, nusavintas jo turtas, palikus tik 30 dešimtinių žemės.
1841 m. invetoriuje parašyta, , kad vienuolyno koridoriaus nišose stovėjo dvi spintos, kuriose tilpo 560 knygų.
1864 m. likusios vienuolyno knygos atimtos.
Duomenis apibendrino ir pateikė Robertas Zilinskas